Runkosarjassa pelataan kaksinkertainen sarja. Lisäksi runkosarjassa pelataan kaksi paikalliskierrosta ottelupareissa Kajaani-Kempele, Lapua-Jyväskylä ja Pori-Rauma sekä yksinkertaisena sarjana Vihti-Tampere-Seinäjoki (koti- ja vierasottelut arvotaan).

Runkosarjan ottelumäärä on 22 ottelua joukkuetta kohden.

Paikalliskierrosten otteluparit

Kajaani-Kempele
Lapua-Jyväskylä
Pori-Rauma
Viinijärvi-Lappeenranta
Vihti-Tampere-Seinäjoki

Puolivälierät, välierät ja mitaliottelut

Kahdeksan parhaan puolivälierät (1-8, 2-7, 3-6, 4-5), välierät ja loppuottelu pelataan ottelupareina paras viidestä -järjestelmällä. Pronssiottelu pelataan paras kolmesta -järjestelmällä. Runkosarjassa parhaiten sijoittunut kohtaa runkosarjassa heikoimmin sijoittuneen joukkueen. Kotietu on runkosarjassa paremmin sijoittuneilla joukkueilla.

Runkosarjassa 10. ja 11. sijoittuneet joukkueet pelaavat alemmat pudotuspelit superpesiskarsintoihin joutumisesta paras kolmesta -järjestelmällä. Kotietu on runkosarjassa paremmin sijoittuneella joukkueella. Otteluparin voittaja säilyttää paikkansa Superpesiksessä kaudella 2017 ja otteluparin häviäjä pelaa superpesiskarsinnat Ykköspesiksen 2. sijoittuneen joukkueen kanssa paras viidestä -järjestelmällä. Kotietu on superpesisjoukkueella.

Ykköspesiksen voittaja nousee suoraan Superpesikseen kaudelle 2017.